인류의 미래를 구원할 ‘애플시드’를 사수하라!

서기 2131년. 세계를 파멸로 치닫게 했던 비핵대전이 끝난 후, 전쟁의 폐허에서 살아남은 전설의 여전사 ‘듀난 너츠’는 아름다운 여인 ‘히토미’에 의해 평화도시 ‘올림포스’로 이송된다.

일곱 명의 원로들로 이루어진 '칠현로(七賢老)'와 슈퍼 컴퓨터 ‘가이아’에 의해 지배되는 올림포스는 전쟁 이후의 세계를 통제하는 거대 도시였다. 올림포스에 도착한 듀난은 황폐한 전쟁터와 달리 평화로운 모습에 안도하지만 한편으로는 지나친 완벽함에 어색함을 느낀다. 그리고 히토미를 포함한 올림포스 거주자의 반 이상이 인간 사회 안정을 목적으로 만들어진 우량종 복제인간 '바이오로이드'라는 것을 알게 된다. 게다가 자신의 옛 애인 ‘브리아레오스’마저 희로애락의 감정이 억제된 바이오로이드로 변했다는 데 충격에 빠진다.

한편 우수한 군인이었던 듀난은 올림포스 특수기동대에 합류, 브리아레오스와 함께 봉인된 ‘애플시드’ 프로그램을 회수하라는 임무를 맡는다. 임무 수행을 위한 출격 준비 중 정체 모를 군대의 습격을 받은 듀난은 애플시드를 둘러싼 반란군과 정부의 숨겨진 음모가 있음을 직감한다. 그런 듀난에게 반란군의 수장은 브리아오레스가 원로회의 비밀과 연루되어 있음을 폭로한다. 바이오로이드를 말살시키고 권력을 쟁취하려는 반란군과 전쟁을 계획하는 인간을 통제하려는 바이로이드의 대립은 극으로 치닫고.
한편, 칠현로와 가이아는 인류의 존재를 뒤흔들 계획을 조용히 진행시키는데…

적도 동지도 분간 안 되는 혼돈 속에서 ‘애플시드’를 사수하기 위한 듀난의 전쟁이 시작된다.