천재 침팬지들이 우주에 다녀온 이후, ‘햄’은 대통령 전용기를 애용하며 스타 못지 않은 생활을 즐기고, 미션통제본부에는 침팬지 전용 운동기구에서 월풀까지 천재 침팬지들을 위한 최고급 시설이 구비되는 동안 두 번째 우주미션이 진행된다.

두 번째 우주탐사에는 꼭 참가할거라고 믿어 의심치 않았던 천재 기술자 침팬지 ‘코멧’은 이번에도 자신이 제외되자 아쉬워하다 실수로 말고르 행성으로 가는 우주선을 출발시키고 만다.

‘코멧’이 말고르 행성으로 향하는 중에 꽁꽁이 속에 갇혀 이미지를 완전히 구겼던 ‘자톡’은 지긋지긋한 꽁꽁이로부터 탈출에 성공한다. 이제, ‘자톡’은 자신을 석상으로 만들었던 침팬지 요원들을 제거하고, 지구를 장악하기 위한 위대한 작전에 돌입하는데….

과연, 말고르 행성에 가 있는 ‘코멧’과 ‘킬로와트’ 그리고 한가로운 뺀질이 침팬지 ‘햄’과 ‘루나’, ‘타이탄’은 ‘자톡’으로부터 지구를 구해 낼 수 있을까? 인간보다 휠씬 인간적인 천재 침팬지들의 눈부신 활약이 펼쳐진다.